本基金會以董事會為最高決策機關，設董事21-27人，包括常務董事9-13人（含財務常董1人），董事長為代表人。

本會係由臺灣財務報導準則委員會、會計問題研議小組、審計準則委員會、評價準則委員會、臺灣企業會計準則委員會、XBRL委員會、會計研究月刊及負責執行例行業務之秘書單位所組成。

為推動本會各項業務，設秘書長1人，綜理本會一切行政事務。下設副秘書長1人，襄助處理會務，並設研究組、教育組、月刊組、管理組等單位。此外，另設置「會計研究中心」，採會員制以擴大參與。基金會組織圖列示如下：